Misje wykonujemy pojedynczo, rozrysowując przebieg zgodnie z opisem misji i wykorzystaniem wskazówek, stworzeniem ciekawych walk (jeśli w danej misji są takowe) i przypadkowych zdarzeń, nie zawsze wpływających na naszą korzyść (kiedy te warunki zostaną spełnione, prócz standardowej nagrody możemy otrzymać GP).

Od czasu do czasu będą pojawiały się specjalne misje (rangi A, lub S), będą one elementem fabuły gry, tak więc wykonywać je będzie mogła tylko jedna osoba. Misje specjalne będą robione na tury.

Zależności rang:

1. Misje są przydzielane odpowiednio do rangi jaką macie. Oczywiste, że genin ma misje łatwiejsze niż jounin:
D- genini, chuunini, jounini, s. jounini, ANBU
C- chuunini, jounini, s. jounini, ANBU
B- chuunini, jounini, s. jounini, ANBU
A- jounini i s. jounini, ANBU
S- ANBU

2. Po zatwierdzeniu przez władzę (Indrycho, Racica), osoba która pomyślnie zaliczył misję może dodać sobie podaną nagrodę:
D- 1k złota 0GP
C- 5k złota 0-4GP
B- 7,5k złota 0-4GP
A- 10k złota 0-5GP
S- 20k złota 0-5GP